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老司机带你解锁ImageJ三维图像分析

  ImageJ()是美国National Institutes of Health(NIH)开发的基于Java的免费公共图像处理软件,在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

  ImageJ/Fiji是已捆绑了许多常用插件的ImageJ,其下载链▷•●接为:,可根据操作系统自行选择:

  ImageJ可在一个窗口中显示多个空间或时间相关的图像,这些图像集称为图像栈(St•□▼◁▼◆◁•ack),组成Stack的图像称为Slice。Stack图片具备有三个空间维度:X,Y和Z。Hyp◁☆●•○△erstacks具有四个以上维度,例如X(长),Y(▪•★宽),Z(◆▼▼▲片),C(通道▲=○▼)和T(时间帧)。

  ImageJ可对Stack图像进行重建来构建三维立体模型,在医学图像中可以将CT层扫图片重建为三维立体模型。共聚焦图片也可以进行Z-Stack层扫获○▲-•■□得三维图片。

  4、三维切割,Stack图▲★-●像显示为三维模型后可从不同方向(△▪▲□△XY、XZ、YZ方向)进行切割以展示三维图像内部情况。展示各◆●△▼●横断面可为定性、定量研究和分析内部结构提供有力支◇•■★▼持。

★△◁◁▽▼

  选中三维视图,鼠标右击选择Adjust slices,可调整XY、XZ、YZ视图切▼▼▽●▽●割方向:

  以神经元胞体为圆心(不包括胞体)开始画一系列同心圆,得到随距离从StartingRadius到Ending Radius同心圆与神经元突起交点个数的变化,以此来反映神经元的复杂性:

  鼠标调整显示的Slice,追踪★▽…◇3D 突起轨迹,点击起△▪▲□△点,调整Slice点击终点◆■软件即可自动追踪:

  Sholl Analysis插件可以分析任何类似有胞体和突起的细胞的分支的复杂性,例如星形胶▽•●◆质★-●=•▽细胞和小胶质细胞等。以小胶质细胞为例,步骤相同,效果如▲●…△下:

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